Los Grupos de Trabajo buscan complementar las funciones del Consejo para la implementación de la Agenda 2030. Actualmente existen 3, sin perjuicio de que se puedan crear más a futuro:
- Grupo de Trabajo Ambiental: coordinado por el Ministerio del Medio Ambiente
- Grupo de Trabajo Social: coordinado por el Ministerio de Desarrollo Social y Famili
- Grupo de Trabajo Económico: coordinado por el Ministerio de economía, Fomento y Turismo
